O Centro de Ensino Superior de São Gotardo, foi idealizado no ano de 1999, por quatro educadores que, constituindo uma sociedade de cotas limitadas, iniciaram as atividades para elaboração do projeto de implantação da primeira instituição de Ensino Superior da cidade. Foi realizada uma pesquisa, indagando a preferência de quais cursos superiores as pessoas dos municípios vizinhos e os estudantes do Ensino Médio optavam. Como naquela época a grande maioria dos docentes da Educação Infantil e do Ensino Fundamental não possuíam formação de nível superior e se encontravam diante das exigências da LDB 9.394/96, o primeiro lugar se deu ao curso de Pedagogia. O segundo lugar ficou para o curso de Administração com Habilitação em Agronegócios, pois a economia de São Gotardo e região são voltadas para empresas ligadas à Agricultura. A mantenedora adquiriu um terreno de 22 mil metros quadrados, no Bairro Boa Esperança, onde iniciou brevemente, as obras de construção de sua sede própria para abrigar os cursos propostos e os próximos que venham de encontro aos interesses da comunidade. Comprometida com a excelência no ensino, pesquisa e extensão, a Instituição foi fundada em 2003. Neste período, o CESG vem se consolidando pelo seu pioneirismo na extensão pela extraordinária geração de conhecimentos, mas, acima de tudo, pela qualidade do ensino na formação de seus alunos, os quais, razão maior da existência da Instituição, constituindo neste pequeno período de sua existência o seu maior patrimônio. Em 12 de junho de 2003, foi realizada a Santa Missa em Ação de Graças e Benção nas dependências escolares no CESG. No encalço de julho de 2003 ocorreu o primeiro vestibular do CESG, entre os cursos proporcionados pelo Centro de Ensino se encontrava o Curso de Pedagogia, dando início as primeiras turmas em agosto de 2003, com 23 alunos matriculados no curso de Pedagogia.